Наруто, который появился в другом мире из-за техники Обито, принёс с собой осознание того, что помимо мира, в котором сейчас живут шиноби, существуют и другие миры. Минато, понимая тот факт, что его сын хотел бы видеть его героем, подаёт заявку на пост Хокаге. Вернувшийся в деревню после того, как был под контролем Обито, Менма (Наруто) продолжает усиленные тренировки вместе со своим лучшим другом, а по совместительству главным плейбоем деревни, Учихой Саске. Мир вернулся к тому, чем он был до появления в нём Наруто из оригинальной манги, однако даже в утопическом мире, который олицетворяет собой мечты наших героев, может начаться кризис. Именно это и произошло, когда выяснилось, что, помимо Саске и Итачи, в клане Учиха выжил ещё один персонаж, тот самый человек в маске, Учиха Мадара. Несмотря на то, что его проекция из другого мира была повержена, он был всё ещё жив и представлял огромную угрозу всему миру Шиноби.
Однако, в этом мире его угроза была совершенно иной, нежели в другом. Обито, выдающий себя за Мадару, начал собирать наследство Рикудо, более того, он нанял для этой цели сильнейшую наёмную организацию мира, Акацуки. Данная организация прославилась тем, что за определённую договором сумму она способна выполнить абсолютно любую миссию. Радостной жизни шиноби грозит настать конец, информация о выжившем Мадаре потрясла весь мир шиноби и в первую очередь Коноху – деревню, выходцем из которой и был этот легендарный шиноби. Решено было созвать совет пяти каге, дабы решить, как противостоять новому злу...

Деревня переживает свой подъём, в ней всё идёт так, как должно идти. Новое поколение шиноби оказалось очень сильным, ведь в нём обнаружилось сразу два гения - Саске и Наруто, которые, хоть и имели определённые заскоки в характере, тем не менее, являлись прямыми наследниками воли огня, которой так славилась деревня. Жалеющий о своей слабости и о том, что не смог противостоять Мадаре, Наруто по совету своего сенсея отправляется тренироваться на гору Мьёбоку, где овладевает сен-модом, однако и Учиха-младший не отставал от него: думая, что его лучший друг погиб, он пробуждает новую форму шарингана, которую решает скрыть от всех.
Юные ниндзя ссорятся, влюбляются и сражаются, однако, всему этому грозит прийти конец вместе с возвращением Мадары. Тсунаде, как та, кто видел, на что способен "Человек в Маске", стала той, кто созвал совет Каге. Уйдя из деревни на встречу, она оставила за главного сильнейшего шиноби Конохи, Жёлтую Молнию.

Казалось бы, ещё совсем недавно суновцы строили козни с Орочимару, пытаясь сравнять Коноху с землёй. В действительности с той поры много воды утекло, а ветер перемен начал кружить над Суной уже давно, заставляя жизнь шиноби бурлеть, не стоять на месте. Первым изменением стало назначение нового Казекаге - особо волнительный момент для шиноби Песка. И каково же было их удивление, когда на руководящую должность поставили не только фактически ребёнка, но и носителя Однохвостого, того, кого все ненавидели. Но Гаара, являясь образцом хладнокровия, всячески игнорировал такое к нему отношение, желая стать идеальным Каге и защищать каждого жителя - яркий пример того, как слова Менмы могут влиять даже на такого замкнутого и жестокого мальчишку.
В скором времени в Деревне Скрытого Песка вновь начинает кипеть жизнь: близится экзамен на Чуунина, честь проведения которого в этом году пала на Суну. Темари и Канкуро, как сильных, опытных и особо приближенных к Казекаге шиноби, назначают главными за проведение экзамена: на первой лежит организация, общение с послами, выбор экзаменаторов, на втором - безопасность своих и иностранных нинзя. И в это непростое время Казекаге резко сотрясает новость о собрании Каге. И сейчас Гаара находится в раздумьях, поскольку не знает, кого оставить за главного, ведь его брат и сестры заняты экзаменом, и экс-сенсей, Баки, сейчас на высокоранговой миссии в другой Деревне.

Здесь назревает восстание, многие люди были свидетелями того, как к Мизукаге приходит неизвестный человек в плаще, после чего первый ведёт себя крайне странно. Большинство уверены, что он оказался под контролем неизвестного и это уже не их каге, а лишь марионетка в его руках. Медленно но верно в деревне начинает назревать переворот, что крайне некстати, с учётом созванного совета. Если другие деревни уже отправили туда своих глав, то в Кири этого сделать не удалось, Мизукаге отказался идти туда, что навлекло на него ещё больше подозрений. Особенное негодование это вызвало у Теруми Мей, которая славилась как обладательница сразу двух Кеке-Генкаев. После отказа каге куноичи решила примкнуть к рядам восставших и тем самым склонила чашу весов в пользу повстанцев.

Из деревни пропало сразу два джинчурики, что вызвало ужасный переполох в деревне. Многие считают, что к их пропаже причастны другие деревни, но это не так, на самом деле Би и Югито просто ушли из деревни на тренировки. Впрочем, даже тот факт, что они живы, и об этом все знают из слухов, что ходят по округе, не является аргументом для Райкаге, который в гневе бросается на встречу Каге, чтобы найти виновника пропажи его любимого младшего брата. Говорят, что Райкаге планирует начать войну с другими селениями, которые он подозревает в похищении.

Ушедший из своей родной деревни Орочимару занимается экспериментами, его целью является добиться силы, равной силе Рикудо Сеннина, и, идя по этому пути, один из трёх Легендарных Саннинов не гнушается никакими способами. Армия Ото растёт, а с учётом того, насколько продвинулся их глава в своих экспериментах, растёт и его сила. В данный момент Сеннин ищет себе потенциально сильных учеников, один из которых в будущем должен стать его сосудом.

В Ивагакуре всё идёт так, будто их не касается то, что происходит в остальном мире шиноби. ХотьТсучикаге и согласился на встречу, он рассчитывает получить от неё экономическую выгоду, заключив торговое соглашение с другими великими деревнями. Всё, о чём думает глава этой деревни, это то, как усилить своё влияние в мире и получить побольше выгоды для себя самого.

В организации всё идёт своим чередом. Единственное, что стоит выделить, это новый заказ от неизвестного, ради выполнения которого он нанял целую организацию. Обычно, подобные заказы поступают лишь во время войны от деревень, которые, проигрывая, нанимали Акацуки для того, чтобы склонить сражение в свою пользу. Сам же заказ был прост: обыскать пару заброшенных храмов и захватить пару людей с особыми генами, после чего доставить их в определённое по договору место. Всё было бы просто, если бы не одно «но» - одним из тех, кого надо было поймать, был член клана Учиха, а это не могло не вызвать гнев у одного из последних представителей клана, Учихи Итачи, который, выполняя этот заказ, поставил себе совершенно иную цель, нежели остальные представители организации...